중남미 지역은 세계에서 유전자변형 작물을 재배하는 22개 국가 중에서 아르헨티나, 브라질, 파라과이, 우루과이, 멕시코, 콜롬비아, 온두라스 등 7개국이 포함되어 있다.
아르헨티나를 제외한 대부분의 국가들이 바이오안전성의 정서에 가입하고 있으며, 바이오안전성 확보를 위한 LMO 관련 법률과 절차 등은 이제 막 시행되고 있거나 수립되고 있는 상황이다.

아르헨티나의 바이오안전성 규제시스템은 GM제품의 생산과정이 아닌 최종 생산물의 평가에 중심을 두고 있는데, 농림수산식품부 소속의 여러 기관이 LMO 승인과정에 참여하고 있다. 국가농업생명공학기술 자문위원회(CONABIA)는 LMO가 농업 생태계에 미치는 영향을 평가하며, 국가농업식품품질관리원(SENASA)은 식품이나 사료로 이용되는 GM작물 유래 생산물의 바이오안전성을 평가한다.

또한 국가농업식품시장지도원(DMMA)은 아르헨티나의 수출시장에 미칠 수 있는 부정적인 영향을 방지하기 위하여 전문보고서를 작성하고 경제적인 효과를 평가한다. 국립종자관리원(INASE)는 국가종자 목록에 등록하기 위한 요건을 마련하고 승인받은 GM작물 종자를 등록한다.
이와 같은 모든 절차는 CONABIA의 사무국에서 주관하는데, 관련된 모든 정보를 수집하여 최종보고서를 작성하고 농림수산식품부에 제출하여 최종승인 여부를 결정한다.

CONABIA는 공공부문, 학계, 민간기구 등 다양한 분야의 대표들이 참가하고 있다는 데에 의미가 있다. CONABIA의 위원들은 자신이 속한 단체의 대표로서가 아니라 개인자격으로 임무를 수행한다. 바이오안전성과 관련한 규제과정이나 국제적인 분쟁에도 적극적으로 참여하고 있다. 하지만 CONABIA는 법적으로 보았을 때 아르헨티나 농림수산식품부의 결의안으로 설치되고 운영되는 자문기구일 뿐이다. LMO 관련 규제절차를 준수하지 않았을 때 이를 처벌 할 수 있는 법적인 근거가 없다는 한계점이 있다.

아르헨티나는 2006년 현재 11건에 이르는 포장실험 단계의 안전성 심사를 마쳤다. 해당 작물은 콩, 옥수수, 목화 3종류이며, 몬산토, AgrEvo, 헥스트, 다우, Ciba-Geigy와 같은 다국적 기업의 개발 품종이 주를 이룬다. 이 중 2005년까지 10건에 대한 상업적재배를 승인했고, 이들 3품종이 아르헨티나의 유전자변형 작물 생산의 대부분을 차지하고 있다.

브라질에서 최초로 유전자변형 작물 취급에 관해 규정한 법률은 1995년에 발효된 '법률 8794호(바이오안전성법)'이다.

이 법률의 제정과 함께 브라질의 바이오안전성(Biosecurity)정책 및 유전자변형 기술을 이용한 연구개발, 상업적 유통 정책을 위한 자문기관으로 과학기술부 산하 국가생명공학안전기술위원회(CTNBio)가 있다. 이 위원회는 유전자변형 작물을 포함한 LMO의 승인을 담당하고 있다. CTNBio 설치 이후 몇 년 동안은 주로 전문분야의 기본 규칙을 제정하는데 시간이 소요되었으며, 주된 업무는 연구기관에서 요청받은 심사 및 LMO 연구의 안전성을 증명하는 증명서 발행이다.

2003년 이전에는 유전자변형 작물의 상업적 재배를 허가하지 않았기 때문에, 연구사업 평가를 주로 하였다. 2001년까지 약 1,080건의 LMO가 심사대상이 되었고 이 중 약 960건이 허가되었으나, 이들은 농업관련뿐만 아니라 백신 등 의약품 개발과 유전체(Genome) 대상 연구 등이 모두 포함된 건수이다. 승인 절차를 살펴보면, 우선 기업ㆍ대학ㆍ연구소 등의 기관에서 CTNBio에 LMO 연구 허가를 신청하고 CTNBio는 3~5명으로 구성된 조사팀을 구성하여 시설에 대한 감독과 실태파악을 하게 된다. 폐쇄계 실험에서는 시설상태(환기설비 등), 종업원의 복장, 노동환경 등이 검토항목이 된다. 개방계 실험에서는 포장면적, 재배상황, 주변 삼림, 수원지 및 재래종재배지구의 존재와 그 상태, 종자 등의 처리와 보존상태 등을 점검한다.
이러한 조사가 완료되면 조사팀은 보고서를 정리하여 CTNBio에 제출한다. 심의결과는 30일 동안 공개하는 것을 원칙으로 하며, 결과에 대하여 모든 관계 부처에서 추가정보의 제공 및 재심사를 요구할 수 있다.

이처럼 브라질은 농산물과 식품에 국한하지 않고 모든 LMO에 대해 CTNBio가 일원적으로 승인한다는 점이 특징이다. 그러나 CTNBio에서 안전성 증명서를 발행하긴 하지만, 기본적으로 기술 자문기관이기 때문에 CTNBio의 승인이 유전자변형 작물의 재배승인이라고는 볼 수 없다. 특히, 상업적 재배를 위해서는 현행법상에서 환경적 측면까지 고려해야 한다는 견해가 있어 GM콩의 재배 허가를 둘러싼 법적논쟁이 진행되고 있다.

한편, LMO의 취급에 대해서 당초에는 과학기술부가 그 권한을 주장했으나, 허가증(License)을 주는 권한은 그 밖의 기관에서도 가능하다고 인정되어 국가환경심의회(CONAMA)의 작업반이 LMO 승인지침 제정 작업을 진행하고 있다.
CONAMA는 연방정부에 의한 환경규제 결정기관으로, 1986년 '결의 제1호'에서 기본적인 사항을 정했고, '결의 237호'에서는 연방ㆍ주ㆍ시의 각 단계의 환경담당기관을 정했다. LMO 승인지침 작업반은 2002년까지 20개월에 걸쳐 지침 제정을 위한 협의를 진행했다. 2001년 11월 지침(안)을 작성하였고 2002년 6월 CONAMA 본회의에서 '결의 305호'로 승인되었다. 결의의 요점은 △연구기관이 등록되어 있으면 실험실 연구는 허가증이 필요 없고 △개방계 실험 및 상업적 이용에는 환경재생가능천연자원연구원(IBAMA)이 발행하는 허가증이 필요하며 △주마다 규제와 제한이 다르므로 허가 시에는 주의 환경담당기관 간의사전 조율이 필요하다는 등의 3가지 요점이다. 이에 대해 여러 산하기관의 허가가 필요한지에 대한 여부는 여전히 미묘한 문제로 남아있다.

중남미 최대 농산물 수출국인 브라질은 2002년까지 유전자변형 작물의 상업적 재배를 허가하지 않아 국가정책 상으로는 유전자변형작물이 재배되지 않았었다. 그러나 실제 리오그란데두술주나 파라나주 등 국경에 인접한 남부의 여러 주를 중심으로 불법으로 밀수된 GM종자에 의한 콩이 생산되고 있음이 밝혀졌고, 이들 여러 주의 콩 생산 중 30~40%는 이미 GM품종으로 전환되었음이 알려졌다. 브라질의 2006년 현재 유전자변형 농산물재배면적은 1,150만 ha에 달하며, 이는 미국, 아르헨티나에 이어 세계 제3위 규모이다. 또한 2005년과 2006년에 수확된 콩의 50% 이상이 GM콩으로 추정된다.

이 같이 브라질은 GM콩을 대규모로 재배하고는 있지만, GM옥수수 생산은 엄격히 금지하고 있으며 불법 GM옥수수 재배 적발 시에는 엄격한 처벌을 받게 된다. 그러나, 브라질 남부 리오그란데두술주에서 아르헨티나로부터 밀수입된 것으로 추정되는 GM옥수수 종자 파종 사례가 적발되기도 하였다. 브라질 파라나주는 LMO 금지령을 선언해 파라나항의 콩 수출량이 감소한데 반해, 주변의 산투스, 리오그란데 항구의 콩 수출량이 늘어나자 LMO 금지령을 해제하는 조치를 취하기도 하였다.

브라질 목화생산자연합의 자료에 따르면 약 1만 8,000 ha에 이르는 목화재배지에서 GM목화가 불법적으로 재배되고 있으며, 연방당국에서 검사를 통해 불법 재배된 목화를 폐기하는 사례도 있었다. CTNBio는 2006년 현재 몬산토의 볼가드 목화 한 품종에 대해서만 재배 허가하고 있으며, 여러 정치적 상황을 고려하여 2006년과 2007년에는 GM목화 재배를 허가하지 않을 것임을 밝혔다.

생명공학기술 관련 법률ㆍ규제 시행과 모니터링에 대해서는 멕시코정부의 여러 기관이 중요한 역할을 수행하고 있다.

농림부는 GM 농산물의 수입ㆍ운송과 필드테스트, 사료용 소비(기존 규정에서는 사료용 소비에 대해 명확한 지침이 존재하지 않음) 등에 관한 허가와 관리역할을 맡고 있다.

환경자원부는 환경에 방출된 LMO를 지속적으로 모니터링하며, LMO가 생태계나 자연환경에 미치는 영향을 최소화하기 위한 방안을 강구하고 있다.

또한 해양생태계에 LMO를 방출하는 것과 관련한 업무에서도 독자적인 지위를 구축하고 있다. 보건부는 의약품이나 식품으로 이용되는 생명공학 제품의 인체 안전성 확보의 책임이 있다. 보건부 소속 식품위생관리위원회에서 생명공학 제품의 승인과정을 감독한다.

이와 더불어 멕시코에는 LMO와 그 부산물의 생산ㆍ수출ㆍ이동ㆍ방출ㆍ소비ㆍ이용 등에 관한 정부정책의 조정역할을 수행하는 바이오안전성위원회(Commission on Biosecurity and GMOs)를 1999년부터 운영하고 있다. 이제까지 위원회가 법적 구속력은 없었으나 새로운 바이오안전성 법안이 마련되면서 달라졌다. 위원회는 국가과학기술위원회, 농림부,
환경자원부, 보건부, 재무부, 경제부, 교육부 공무원들로 구성되며, 국가과학기술위원회의 추천과 대통령 승인으로 임명된 사무총장이 법적인 구속력을 갖고 운영하게 된다.

루과이정부는 생명공학 제품의 환경과 시장 방출을 관리ㆍ감독할 수 있는 규제절차를 갖추고 있다. 관리ㆍ감독의 책임은 농림수산부에서 주도하는 'GM 식물위해성평가위원회' 가 갖고 있다.
위원회에는 농림수산부 외에도 건설부, 토지환경부, 보건부, 국립종자연구소, 국립농업연구소 등이 포함되어 있다. 이 위원회는 그때 그때(Case-by-case) 신종 생명공학 제품의 잠재적인 위해와 혜택을 평가하는 권한을 갖고 있다.
평가위원회는 △LMO와 그 부산물의 도입ㆍ이용에 대한 위해성평가 규정제정 △케이스바이케이스로 건전한 과학적인 분석을 통하여 각 제품의 위해성 분석 △LMO 승인과 관련하여 책임기관인 농림수산부와 재정경제부에 자문 △케이스바이케이스로 위해성 관리와 커뮤니케이션 방안에 대하여 책임기관에 자문 △식물 LMO의 바이오안전성 확보와 관련하여 정부에 자문하는 역할 등을 하고 있다.

규제절차에는 위해성평가와 관리가 포함되어 있지만, 연구개발 단계에는 규제절차가 적용되지 않는다. 위해성평가와 관리에는 관련 전문가뿐만 아니라 사회과학자나 시민단체 대표 등의 전문가와 이해 당사자들도 포함되어 심의한다. 하지만 LMO 방출과 관련한 최종승인 여부는 농림수산부와 재정경제부에서 결정한다.

현재 파라과이에서는 바이오안전성 확보를 위한 LMO 관련 규제들이 불충분하고 불명확하며, 법적체제도 갖추어져 있지 않다. 이에 파라과이 정부는 LMO를 규제할 필요성을 인정하고 남미공동시장(MERCOSUR)의 다른 나라 규정들을 검토하여 3번의 공청회와 바이오안전성위원회 검토 등을 거쳐 바이오안전성 법안을 제안한 바 있다. 파라과이의회는 이 제안을 2003년 4월부터 지속적으로 논의하고 있다

지난 2004년 10월 파라과이정부는 국립종자지도소, 농림축산검역본부, 국립담배면화관리소와 농림부의 식물 부산물 승인 관련 부서들을 통합하여 국가종자식물품질관리원(SENAVE)이라는 기관을 설치하였다. SENAVE는 △외래 병원균의 국내 침투 방지 △생명공학기술 관련 이슈 논의 주도 △종자와 재배종 보호 관련 기존 법률에 의한 승인 책임 △종자 품질과 안전성, 생명공학 식물종의 보호와 관련한 국제 조약에서 승인 책임 △생명공학기술에서 유래한 종자나 산물의 생산과 관련한 국가정책의 형성과 지속성 유지를 위해 농림부 자문기구 역할 등을 맡고 있다.

하지만 LMO의 승인과 규제에 관련된 다른 기관들과는 어떻게 기능과 권한이 조화되는지 명확한 조치는 마련되어 있지 않다.