유럽연합(EU)에서는 1990년대 초반부터 유전자변형생물체(LMO)에 대한 규정을 시행하고 있다. EU의 LMO 관련 규정은 인체 건강과 환경보호, EU 역내에서 GM제품을 안전하고 건전한 방식으로 자유롭게 이동하는 것을 보장한다는 두 가지 중요한 목적을 갖고 있다. 최근까지 수정된 LMO 관련 규정 개요를 살펴보면 다음과 같다.

첫째, 'GM 미생물의 밀폐이용에 대한 지침 90/219/EEC(지침 98/81/EC에 의해 일부 수정)'는 밀폐상태에서 바이러스나 박테리아와 같은 GM미생물을 연구하거나 산업적인 활동을 수행하는 것을 규제하고 있다. 이러한 활동에는 실험실 내에서의 모든 행위도 포함한다.

둘째, 'LMO를 환경에 의도적으로 방출하는 것에 대한 지침 2001/18/EC'는 △실험목적으로 환경에 LMO를 방출하는 것(예: 필드 테스트)은 지침의 파트 B를 통해 주로 규제하고 △LMO를 포함하고 있는 제품의 시장 출시(예:재배, 수입 또는 다른 제품으로의 변환)는 주로 파트 C에서 규제한다고 규정하고 있다.

셋째, 'GM식품 및 사료에 대한 규정1829/2003'은 LMO를 포함하고 있거나 LMO로부터 생산된 식품과 사료의 시장 유통을 규제한다. GM식품과 사료에 대해 신청자는 다음 두 가지 중 하나를 선택할 수 있다. 그 하나는 '지침 2001/18/EC' 기준에 따른 LMO의 의도적 환경방출 승인과 '규정 1829/2003' 기준에 따른 LMO의 식품과 사료 이용에 대한 승인 두 가지 모두를 얻기 위해서 이른바 'One Door, One Key' 원칙을 적용하여 '규정 1829/2003'에 따른 승인 신청서를 제출한다. 또 다른 하나는 '지침 2001/18/EC'와' 규정 1829/2003' 모두에 신청서(또는 신청서 일부)를 제출한다.

넷째, 'LMO의 국가간 이동에 관한 규정1946/2003'은 EU 회원국과 제3국과의 의도적ㆍ비의도적 LMO의 이동에 대해 규제한다. 단, 역내에서의 의도적인 이동은 적용 대상에서 제외한다. 이 규정은 기업과 대학 등의 주체가 LMO에 대한 연구개발ㆍ이용ㆍ유통을 하기에 앞서 허가받아야 할 사항을 명시하고 있다.

다섯째, 시장에 유통되는 LMO나 GM식품과 사료는 표시와 이력추적(Labelling and Traceability) 조건을 준수해야 한다.
이러한 조건은 '규정 1829/2003'과 LMO에 대한 이력추적 및 표시, LMO로부터 생산된 식품과 사료에 대한 이력추적, 그리고 '지침 2001/18/EC'의 일부 수정에 대한 '규정 1830/2003'에 명시되어 있다.

마지막으로 '규정 641/2004'에서는 '규정 1829/2003'에 따른 GM식품과 사료의 승인신청에 대한 구체적인 규칙, 규정 실시 이전에 유통되고 있는 기존 제품에 대한 신고 절차, 긍정적인 리스크 평가 결과를 얻었으나, 아직 승인되지 않은 GM물질의

006년 1월 EU 집행위원회는 미국 몬산토사의 GM옥수수 3품종을 부분적으로(Default) 승인했다. 승인된 품종은 해충저항성 옥수수 MON863(식품용), MON863과 MON810의 후대교배종 옥수수(수입 및 사료용), 제초제내성 옥수수 GA21(수입 및 식품용)이다. 그러나 GA21의 경우에는 이미 몬산토사에서 생산 및 판매가 종료된 품종 이고 , 2006년 현재 NK603(수입, 식품ㆍ사료용 및 재배에 대한 EU의 승인 완료)으로 대체되었다. 2006년 3월 EU 집행위원회는 파이오니어사에서 식품이나 식품원료용으로 신청한 제초제내성 및 해충저항성 GM옥수수 DAS1507의 수입 및 유통을 승인하였다. 이로써, 2004년 5월 신젠타사의 Bt11을 승인한 이후, EU는 총 6건의 GM옥수수에 대하여 식용으로 수입 및 유통을 허가하게 되었다. 또한, 2006년 바이엘 크롭사이언스사의 제초제내성 GM유채 3품종(Ms8, Rf3, Ms8×Rf3)의 수입 및 사료용 승인에 대하여, 생명공학기술 전문가 회의에서는 호주 플로리진사의 GM카네이션의 수입 승인에 대하여 각각 논의했으나, 2건 모두 합의점을 찾지 못했다.
특히, 바이엘 크롭사이언스사의 GM유채 승인에 대해서는 캐나다도 상당한 관심을 보였는데, 이는 유채기름을 EU에 수출하고 있는 캐나다가 활발하게 전개되는 EU의 바이오디젤 원료에 유지종자 수출의 길이 열릴 지도 모른다는 일말의 가능성 때문으로 풀이된다. 또한, 만약 GM카네이션이 승인되었더라면 EU의 승인 유예조치(모라토리엄) 이후 8년 만에 이루어진 최초의 GM식물 승인이라는(지금까지는 모라토리엄으로 동결되었던 LMO에 대한 승인) 점에서 주목을 끌 수 있었으나, 이 또한 득표수가 모자라 승인에 이르지 못했다.

LMO를 둘러싼 EU의 최대 이슈는 재래종(유기농산물)과 LMO의 공존(Co-Existence) 문제이다. 2006년 2월 EU 집행위원회 공동연구센터(JRC)에서는 옥수수, 목화, 사탕무에 대해 각국의 공존정책을 지원하기 위한 과학적 지식에 기초한 정보제공 보고서를 공개했다. LMO 의무표시 상한선인 0.9% 혼입치 기준을 충족시키기 위해 종자에 대해서는 LMO 혼입치를 0.5%로 내려야 하고, 특히 옥수수의 경우에는 포장지에서의 추가 관리 조건도 뒤따르지만, 공존은 실행가능하다고 보고 있다. 이러한 상황에 입각하여, 4월 EU 회원국 25개국이 참가한 가운데 독일 빈에서 개최된 'LMO와 관행농 및 유기 농산물의 공존ㆍ선택의 자유'가 공존문제와 관련된 EU 역내 최대행사였다. 그러나 유럽식품안전청(EFSA)에 의한 LMO의 과학적 안전성 평가에 기초하여 공존을 추진하자는 입장과 EFSA의 안전성 평가방법 자체에 의문을 표명하는 입장이 EU 집행위원회 내부에서 첨예하게 대립하고 있어 LMO 문제나 공존정책 실행의 어려움을 더욱 부각시켰다. 같은 4월 EU 집행위원회는 안전성평가 방법검토를 제안하였고, EU 집행위원회는 과학적 일관성과 투명도를 개선하기 위해 회원국 및 EFSA와 이 제안을 논의하기로 결정하였다.

한편, 그린피스 등은 WTO 소송과 관련해 제출된 문서 등을 문제 삼으며, EU 집행위원회의 안전성평가가 이중 기준(Double Standard)이라고 비판했다. EU 집행위원회는 6월 모든 문제와 관련해 회원국과 협력하는 자세를 취하겠다는 목표를 세우고서야 이를 극복하였다. 아울러, 5월 농업각료이사회에서 독일, 폴란드, 오스트리아, 프랑스, 룩셈부르크, 헝가리 등은 공존문제와 관련해 통일적 규칙이 필요하다는 의견을 제시하였다. 이와 관련하여 EU 집행위원회가 제안한 EU의 통일된 유기농 식품표시에 관한 논의가 있었지만, LMO의 혼입치를 0.9%까지 인정하는 것에 대해 몇몇 국가가 제로 혼입치를 요구해 합의에 이르지 못했다.

영국은 EU 전체의 LMO 관련 규제 체제를 준수하고 있으며, 환경식품농촌부(환경방출규제, LMO 관련 국가책임기관, 환경위해성 심사)를 중심으로 보건안전국(밀폐이용 규제), 식품기준청(식품의 인체위해성 심사) 등의 정부기관에서 LMO 관련 업무를 담당하고 있다. 아울러 환경방출자문위원회, 신종식품자문위원회 등의 자문기관에서 관련 업무를 지원하고 있다. 특히, 환경식품농촌부(DEFRA)는 △LMO의 환경방출에 대한 규제 △LMO 관련 정책 수립 및 EU 규제의 국내적용 △LMO의 환경안전성 관련 국제협상에서의 영국 대표 △LMO에 대한 과학적 연구 지원 및 보급 △ LMO의 밀폐이용에 따른 환경위해성 평가 등의 업무를 담당하고 있다.

006년 7월 DEFRA는 GM작물과 Non-GM작물 재배의 공존에 관한 검토보고서를 공식 발표하였다. 이 보고서는 EU의 GM식품 표시규정인 혼입허용치 0.9%를 충족시키기 위해 포장에서의 교잡을 0.3% 이하로 내려야 하고, 이를 위해서는 GM과 Non-GM작물과의 격리거리를 유지종자는 35m, 사료용 옥수수는 80m, 식용 옥수수(스위트 콘)는 110m로 각각 규정하고 있다. 아울러, GM작물의 혼입으로 Non-GM작물 재배농민에게 피해를 입혔을 경우에는 경제적 보상까지 염두에 두고 있다. 영국은 아직까지 상업화되어 재배되고 있는 GM작물이 없으며, 연구개발을 목적으로 야외에서 시험재배하고 있는 GM작물 또한 없다.

그러나 2006년 8월 독일 바스프사는 감자역병(Potato Late Blight)에 저항성을 갖는 GM감자의 실험재배를 추진하기 위해 DEFRA에 실험재배 신청서를 제출하였고, 12월 해당 신청을 허가 받았다. 이 실험재배는 2007년 봄부터 4년에 걸쳐 영국의 월경 더비셔와 캠브리지시 소재 국가농업식물학협회의 2ha에 이르는 재배지에서 이루어질 계획이다. 이 밖에도 2006년 6월 네덜란드의 유니레버사는 저온에서 견디는 심해어의 혈액 속에 포함된 단백질(IceStructuring Protein)을 GM효소에서 인공적으로 만들어내는 관련 신청을 영국식품기준청(FSA:Food Standards Agency)에 제출했다. 이는 개발 경쟁이 치열하게 전개되고 있는 저지방ㆍ저칼로리 아이스크림의 시장 확대를 겨냥한 움직임으로 보인다.

U 집행위원회는 프랑스 정부에게 EU의 법률을 준수하고, 'LMO의 의도적 방출에 대한 유럽연합 지침 2001/18/EC'의 이행을 위한 국내법 제정을 서두를 것을 여러 차례 요구했다. 이에 프랑스 정부는 2006년 2월 의회 결정을 통해 관련 법안을 채택하였다. 법안은 GM작물과 Non-GM작물의 공존, 생명공학 제품의 평가 절차, 과학검토 패널에 시민단체 대표를 포함하는 것 등을 주요 내용으로 하고 있으며, 논의 절차를 거쳐 2007년에 시행될 전망이다.

또한, 공존 관련 규정에서는 △GM작물 재배농민은 우수재배기준(Good Cultural Practices)을 준수해야 하고 △GM작물 재배농지 주변에 완충지대를 설정해야 하고 GM작물 재배농지의 위치, 면적, 특성 등을 프랑스경작협회에 신고해야 하며 △GM작물이 주변의 재배작물과 섞일 경우에 따른 책임과 보상을 위한 수단을 갖추어야 한다는 내용이 포함되어 있다. 또한, 프랑스 옥수수생산자협회는 2005년 9월 Bt옥수수의 상업적 재배를 인정하였으며 농업생명공학 응용을 위한 국제서비스(ISAAA)는 프랑스의 Bt옥수수는 2001년 이후 5년 만에 약 5만 ha의 농지에서 상업적으로 재배된 것으로 추정되고 있다. 이처럼 프랑스의 LMO 실험재배와 상업용 GM옥수수의 재배면적이 점차 증가하고 있는 가운데, 프랑스 정부와 환경단체와의 갈등이 심화되고 있다. 2006년 들어 그린피스가 홈페이지를 통해 프랑스의 GM옥수수 재배지역 위치 정보를 공개함에 따라, 재배지 공격을 우려한 농민이 법원에 이의를 제기하였고, 프랑스 법원은 7월 그린피스에 해당 게시물을 삭제할 것을 명령하였다.

이후 그린피스는 법원 판결에 반박하여 GM작물 재배지에'X'자를 표기하며, 정부가 공식적으로 GM작물 재배지를 발표하기 전까지 파괴 행위를 지속할 것임을 밝혔다. 이러한 파괴활동이 계속되자, 더 이상 참지 못하게 된 농가에 의한 시위가 프랑스 서남부에서 발생했다. 이에 따라, 프랑스 정부는 GM작물 재배지 파괴 행위와 관련해 징역 5년형(또는 7만 5,000 유로)의 벌금형에 처하고 있지만, 2003년 300명이었던 LMO 반대 운동가 수는 2006년 6,200명으로 급증하였다.

2005년 12월 독일 정부는 프랑스와 마찬가지로 EU 집행위원회로부터 EU의 다른 회원국의 LMO 정책과 자국의 정책을 일치시키라는 최종 경고문을 받았다. 이에 따라 2005년부터 시행된 유전공학법을 EU의 지침에 맞게 개정하였고, 2006년 3월 대부분의 정당으로부터 동의를 얻어냈고 독일 상원의 승인을 얻게 되면 효력을 발휘하게 된다.
수정된 법안은 LMO에 관한 승인절차, 승인처리 기간, 모니터링 규정 등을 포함하고 있으며, 이와 함께 관련 당국이 LMO의 비의도적 방출과 관련한 홍보(LMO의 비의도적 환경방출과 관련해 일반인에게 알려야 할 책임)를 규정하고 있다. 그러나, 인근 재배지역의 LMO 교잡으로 인한 재정적 손실 책임, LMO 재배를 규정하고 있는 현행법에는 영향을 미치지 않도록 관련 재량권을 충분히 활용하였다.

2006년 7월 독일 식품안전청(BVL)은 앞으로 2년 동안 백신과 단백질을 생산할 수 있는 GM 감자 3품종에 대한 실험재배를 허가하였다. 이어 11월에는 작센-안할트(Saxony-Anhalt)에 위치한 라이프니츠 농업연구소에서 GM밀의 실험재배를 허가하였다. 이와 관련해 독일연방 소비자보호부(Federal Office for Consumer Proteciton)가 실험재배는 인간건강 및 환경에 유해한 영향이 없다고 발표한 반면, 환경보호단체인 번드(BUND)는 LMO의 실험재배는 환경뿐만 아니라 산업에도 부정적인 영향이 예상된다고 주장하였다.

이탈리아는 LMO에 대한 거부감이 강한 나라이지만, 북이탈리아에서는 GM옥수수의 실험재배가 이루어지고 있다.

이와 관련해 2006년 1월에는 공존을 위한 GM꽃가루의 격리거리를 30m에서는 0.9% 이하, 17.5m에서는0.5% 이하라고 하는 연구결과가 발표되기도 하였다.

이 밖에도 2006년 3월에는 자궁경부암치료 백신을 GM담배에서 생산해내는 기술 개발도 발표하였다.

2004년 6월에 성립된 국내 공존법이 2005년 11월 EU 집행위원회의 승인을 획득함에 따라, EU 역내 국가로서는 최초로 공존법이 승인되었다.또한 덴마크의 국립농업과학연구소는 효소의 피타아제를 다량 함유한 GM밀 연구 등을 추진하고 있다.