남아프리카공화국은 아프리카 유일의 GM작물 상업재배국으로, 2006년 현재 GM작물의 총 재배면적은 약 140만 ha로, 2005년 50만 ha에 비해 180%가 증가한 수치이다. 미국 농무부(USDA)의 조사에 따르면, 목화의 92%(40%가 2005년 9월 승인된 후대교배종 GM목화), 옥수수의 29%, 콩의 59%가 각각 GM작물로 나타났다. 또한 전체 옥수수 재배지 가운데 GM옥수수가 차지하는 비율은 2005년의 16.6%에서 2006년에는 29.4%로 증가하였는데, 남아공 전체 옥수수 재배면적이 45% 가량 감소한 사실을 감안한다면 실제 GM옥수수의 재배면적은 455,287 ha로 약 11% 증가하였다. 이 밖에도 남아공에서는 메론, 기장, 루피너스(Lupins), 콩, 딸기, 사탕수수, 목화, 사과, 토마토, 수수, 밀, 감자, 포도와 같은 작물을 대상으로 새로운 GM품종에 관한 연구가 진행되고 있다.

2005년 6월부터 케냐의 AHBFI(Africa HarvestBiotech Foundation International) 등을 포함한 9개 연구조직(이중 7개 조직이 아프리카 기반)이 국제 컨소시엄을 조성하여 GM 사탕수수 개발 프로젝트를 진행하였으나, 남아공에서 실험재배 허가를 얻지 못해 답보 상태에 빠졌다. 프로젝트 팀은 바이오안전성 규제법이 마련되어 있지 않은 케냐를 피해 남아공에서의 GM 슈퍼 사탕수수 온실재배를 위해 과학산업연구심의회(CSIR: the Council for Scientificand Industrial Research)에 신청했으나, 2006년 7월 남아공 농업부에서 이를 기각했다. 기각사유는 CSIR의 실험재배 시설이 사탕수수의 원종과 근연종에 대한 교잡성을 충분히 방지할 수 있는 수준이 아니라는 점이었다. 이후 바이오안전성 계획을 좀 더 강화한 두 번째 허가신청을 제출하였으며, 남아공 정부도 적절한 봉쇄 대책이 마련되면 허가를 재고 하겠다는 의사를 밝혔다.

남아공은 바이오안전성의정서와 자국의 국내법을 조화시키기 위한 바이오안전성 규제법의 검토를 수행하였고, 2006년 8월 이 개정안이 의회를 통과했다. 그러나 바이오안전성 규제법은 바이오워치(Biowatch)와 일부 환경파 의원이 강력하게 요구했던 엄격한 규제 강화와 달리 타협적인 내용으로 알려지고 있다. 한편, 남아프리카산 와인이 주목을 받고 있는 가운데, 2006년 9월 남아공의 스텔렌보스(Stellenbosch) 대학 와인생명공학연구소가 세균성 전염병에 내성을 지닌 GM포도의 야외실험재배 허가신청서를 제출했다. 이와 더불어 와인 제조에 이용되는 GM효모 또한 판매허가 신청서가 접수된 상태로, 이 GM효모가 정부의 허가를 획득할 경우 즉시 시장 출시가 이루어질 전망이다. 그러나 국제와인협회(OIV:International Viticulture Organisation)는 와인 공정에서 GM물질의 이용을 금지하고 있으며, 소비자 및 식품관련업체 역시 LMO를 반대하고 있어, GM효모에 관심을 보이고 있는 일부 와인 제조업자도 GM효모 이용을 기피하고 있는상황이다.

2006년 8월 남아프리카공화국, 영국, 폴란드, 인도네시아 및 싱가포르 5개국의 소비자 총 3,127명을 대상으로 실시한 GM식품 수용조사 결과를 남아프리카공화국 시노베이트(Synovate)사에서 발표하였다. 조사결과에 따르면, GM식품을 알고 있다고 응답한 소비자는 영국이 84%, 남아공과 폴란드가 90% 이상을 차지했던 것에 비해, 인도네시아는 8%, 싱가포르는 35%로 각각 나타났다. 또한 GM식품을 알고 있다고 응답한 소비자 중 GM식품이 인간에게 유해할지 모른다고 생각하는 소비자는 영국이84%, 폴란드가 68%, 인도네시아가 66%, 싱가포르가 59%였던 것에 비해 남아프리카공화국은 33%에 그쳤다. 또한, 인도네시아 소비자의46%, 폴란드와 싱가포르 소비자의 42%, 남아프리카공화국 소비자의 45%가 GM식품의 이득(Benefit)은 위해성(Risk)보다 중요하다고 생각하고 있었으며, 남아프리카공화국의 62%와 싱가포르의 43%는 맛이 좋다면 GM식품을 지지한다고 응답했다. 또한, 남아프리카공화국 47%와 싱가포르 41%는 좀더 가격이 저렴하다면 GM식품을 구매하겠다고 응답했지만, 이에 반해 영국은 10%만이 구매하겠다고 응답한 것으로 조사되었다.

잠비아는 심각한 식량부족 상태에 빠져 있으며, 정부는 2006년에 국가적 식량위기 상태를 선포하고 기아상태에 있는 국민에 대한 국제원조를 요청하였다. 잠비아 정부는 GM옥수수 금지 조치 때문에 곡물 수입이 지연되고 있다는 제분업자의 압력에도 불구하고, GM옥수수의 금지 조치는 여전히 유효하다고 밝혔다. 또한, 잠비아로 수입되는 모든 옥수수는 유전자변형 성분이 없다는 증명을 필요로 한다.

2006년 1월 말리 남부에 위치한 시카소(Sikasso)에서 유전자변형기술의 도입과 관련해 개최된 회의 결과에 따라 말리 농민은 GM작물을 재배하지 않기로 결정하였다. 이와 관련하여, GM작물 재배 찬성 입장에서는 해충저항성을 지닌 목화가 생산성 향상에 크게 기여할 수 있을 것이라고 주장한 반면, 환경론자는 GM종자에 대한 다국적 종자기업의 특허권 등을 거론하며, GM작물의 혜택보다 지역 농민이 입게 될 피해가 더 클 것이라고 주장하였다

우간다 정부는 GM식품의 수입 및 유통은 허용하지만, 재배를 목적으로 하는 GM 종자 수입은 금지한다는 입장을 밝혔다.
이번 금지 결정은 우간다 농민이 터미네이터 기술을 이용한 GM종자로 인해 자가 채종이 불가능하게 되어 종자기업에 종속될 것을 우려하고 있는데다 관련 지식 및 기술 부족으로 주변 Non-GM작물 및 토착 작물에 악영향을 미칠 것을 고려한 결과이다.

한 편, 우간다농업연구기구 (National Agricultural Research Organization)와 국제열대농업연구소(International Institute of Tropical Agriculture)는 세균성마름병 저항성 GM바나나의 개발을 위한 공동연구를 진행하고 있다. 그러나 개발에 있어 관련 규제 제정이라는 법적ㆍ정치적 환경이 조성되어야만 GM바나나의 시장출시가 가능할 것으로 전망된다.

케냐는 1990년대부터 현대 생명공학기술 연구를 시작하였으며, 이 분야에 대한 기술적ㆍ과학적 능력을 겸비하고 있다고 평가되고 있다.
006년 들어 케냐 국회의원은 Bt옥수수와 목화를 재배 중인 남아프리카공화국의 현장을 방문하는 등 GM작물을 상업화하기 위해 필요한 생명공학 정책 및 바이오안전성 법률 제정을 추진하고 있다. 이의 일환으로 2006년 케냐정부는 수년 간의 논쟁을 거쳐 '국가생명공학개발정책 2006(National Biotechnology Development Policy 2006)'을 채택하였다. 이 채택으로 바이오안전성법과 생명공학법의 제정을 용이하게 할 것으로 전망된다. 한편, 케냐에서는 2006년 현재 GM카사바, GM고구마가 각각 실험실 연구단계이며, Bt옥수수와 목화는 포장실험을 진행하고 있다.