유기동물을 포획하면 지정동물병원인 1차 보호소에서 등록여부를 확인하여 등록 시 소유자에게 반환하고 미등록 시 공고 및 진단을 통해 유기동물관리시스템인 농림수산검역검사본부에 공고하고 진단을 하여 질병∙외상이 있을 시 치료하여 치료가 완료되면 2차 보호소인 유기동물 보호시설에 수용하고 치료 불가 시 안락사 시켜 처리결과를 유기동물관리시스템에 등재한다. 진단하여 상태가 양호할 시 곧바로 2차 보호소인 유기동물 보호시설에 수용하고 보호관리 후 소유자에게 반환하거나 장기보호를 한다. 입양분양 후 미처리 동물은 안락사를 시켜 처리결과를 유기동물관리시스템에 기록한다.